24 Şubat 1918 tarihinde bağımsızlığını ilan eden Estonya’yı, Türkiye Cumhuriyeti kuruluşunun hemen akabinde, 23 Ocak 1924 tarihinde tanımıştır. Estonya ile ilişkilerimizin temeli, 1 Aralık 1924 tarihinde imzalanan "Dostluk ve İşbirliği Anlaşması"na dayanmaktadır. Estonya’nın 20 Ağustos 1991 tarihinde yeniden bağımsızlığını elde etmesi üzerine, 23 Ekim 1991 tarihinde imzalanan Ortak Bildiri’yle Türkiye ile Estonya arasında diplomatik ilişkiler yeniden tesis edilmiştir.

Türkiye ile Estonya arasında dostane ilişkiler ve yakın işbirliği mevcuttur. Estonya’nın SSCB tarafından ilhakını tanımayan Türkiye’nin, Estonya’nın NATO üyeliğine verdiği güçlü destek, ilişkilerin olumlu seyretmesinde önemli rol oynamıştır. Öte yandan, Estonya’nın da Türkiye’nin AB üyeliğine vermekte olduğu destek ilişkilere olumlu yansımaktadır. Türkiye ile Estonya arasında BM, NATO, Avrupa Konseyi gibi önemli uluslararası kuruluşlarda yakın işbirliği sürdürülmektedir.

Üst düzeyde gerçekleştirilen son ziyaretler bağlamında, Estonya Cumhurbaşkanı Alar Karis 26-28 Haziran 2024 tarihinde, Estonya Dışişleri Bakanı Margus Tsahkna ise 31 Ekim 2025 tarihinde ülkemize ziyarette bulunmuşlardır.