24 Şubat 1918 tarihinde bağımsızlığını ilan eden Estonya ile ilişkilerimizin temeli, 1 Aralık 1924 tarihinde imzalanan "Dostluk ve İşbirliği Anlaşması"na dayanmaktadır. Estonya’nın 20 Ağustos 1991 tarihinde yeniden bağımsızlığını elde etmesi üzerine, 23 Ekim 1991 tarihinde imzalanan Ortak Bildiri’yle Türkiye ile Estonya arasında diplomatik ilişkiler yeniden tesis edilmiştir.

Türkiye ile Estonya arasında dostane ilişkiler ve yakın işbirliği mevcuttur. Estonya’nın SSCB tarafından ilhakını tanımayan Türkiye’nin, Estonya’nın NATO üyeliğine verdiği güçlü destek, ilişkilerin olumlu seyretmesinde önemli rol oynamıştır. Öte yandan, Estonya’nın da Türkiye’nin AB üyeliğine vermekte olduğu destek ilişkilere olumlu yansımaktadır. Güncel uluslararası sorunlara benzer yaklaşımlar içinde bulunan Türkiye ile Estonya arasında BM, NATO, Avrupa Konseyi gibi önemli uluslararası kuruluşlarda yakın işbirliği sürdürülmektedir.

Sayın Cumhurbaşkanımız 23-24 Ekim 2014 tarihlerinde, Sayın Bakanımız 27 Ekim 2016 tarihinde,AB Bakanı Sayın Ömer Çelik 7-8 Eylül 2017 ve 18-19 Ekim 2017 tarihlerinde Estonya’yı ziyaret etmişlerdir. Estonya Başbakanı Jüri Ratas 15-16 Ağustos 2017, Savunma Bakanı Jüri Luik 10-12 Aralık 2018, Dışişleri Bakanı Sven Mikser ise 18 Temmuz 2017 tarihlerinde ülkemize resmi ziyaret gerçekleştirmiştir.